📦 Software de EESSI

📦 Software de EESSI#

EESSI (European Environment for Scientific Software Installations) es un stack de software científico optimizado para cada arquitectura de CPU, distribuido a través de CernVM-FS en /cvmfs/software.eessi.io.

Ofrece cientos de programas y bibliotecas (GROMACS, LAMMPS, OpenFOAM, Quantum ESPRESSO, R, Python con NumPy/SciPy, etc.) listos para usar, sin necesidad de compilarlos.

Nota

EESSI está disponible en Serafín y Helvetios.

Activar el entorno#

Para activarlo, cargue el módulo EESSI:

$ module load EESSI

A partir de ese momento module avail muestra también el software de EESSI, compilado para la arquitectura del nodo donde se ejecuta.

Truco

Hay varias versiones de EESSI, cada una con software más nuevo. Puede verlas con module avail EESSI y elegir una en particular, por ejemplo: module load EESSI/2025.06.

Advertencia

No mezcle módulos del cluster con módulos de EESSI en la misma sesión o script: son compilados con distintas bibliotecas y compiladores, y combinarlos puede fallar de formas difíciles de diagnosticar.

Truco

El primer acceso a un programa puede tardar unos segundos, porque CernVM-FS descarga los archivos bajo demanda y los guarda en caché.

Buscar software#

module avail:

Ver todos los módulos disponibles

module avail GROMACS:

Ver los módulos cuyo nombre contiene GROMACS

module spider GROMACS:

Buscar un programa y ver sus versiones

module load GROMACS:

Cargar la versión por defecto de un programa

También puede consultar el listado completo en eessi.io/docs/available_software.

Script de Slurm#

Escriba el submit.sh, por ejemplo para correr GROMACS en Serafín:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gromacs
#SBATCH --partition=multi
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --time 0-1:00

module load EESSI
module load GROMACS

export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK

mpirun gmx_mpi mdrun -s topol.tpr

Nota

Use mpirun en lugar de srun: el Open MPI de EESSI detecta automáticamente los recursos asignados por Slurm.

Ver también

Como escribir un script de submit.

Y ya puede encolar el job.

$ sbatch submit.sh

Preguntas frecuentes#

¿Cuándo conviene usar EESSI y cuándo los módulos del cluster?

Recomendamos usar primero los módulos del cluster, y recurrir a EESSI cuando lo que necesita no está ahí. Si tampoco lo encuentra en EESSI, puede instalarlo en su home con Spack o pedirnos que lo instalemos escribiendo a soporte.

¿Cómo vuelvo a los módulos del cluster?

Descargue todos los módulos con module purge.

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